Me contesto a mi mismo. Para hacer búsquedas del tipo a las que quería hacer se usa el operador $regex, , en el ejemplo anterior:
Código Javascript
:
Ver originaldb.cuentos.find({"personas.autor":{ $regex:"Jose"}}).pretty()
Nos daría como resultado todos los autores que en su nombre aparezca "Jose".
PD: Diferencia entre mayúsculas y minúsculas!!