No, no se puede dividir la instalacion de windows en 2 discos. Lo que puedes es dejar la carpeta WINDOWS en uno y PROGRAM FILES y MY DOCUMENTS en el otro.
Si tu disco ya esta fallando no te vas a librar de los problemas, quiza funcione un tiempo pero te van a volver a salir sectores deñados.
Te recomiendo que le intentes hacer un formato fisico a ver si eso te ayuda a tener tu disco entero de vuelta. Eso ya lo hemos tratado varias veces, por ejemplo aqui:
http://www.forosdelweb.com/s/msg142130.html