¿Crear setup para que me instale el mysql y el programa?

[gnzsoloyo]

Técnicamente sería posible, pero no suele ser recomendable, ya que el MySQL tiene sus propias parametrizaciones de tunning que es conveniente manejar y configurar para mejor eficiencia.
Para lograr algo como lo que quieres deberías crear un instalador que combine la lógica de las dos instalaciones en una misma.
¿Realmente te parece conveniente meterte en semejante brete?

En cierta ocasión me encontré con el mismo problema, pero luego de largas discusiones en el area de desarrollo llegamos a la conclusión de que no era muy práctico, y que era más simple crear una serie de validaciones de inicio en la aplicación para asegurarnos que el cliente hibiese realizado la instalación de MySQL corrrectamente y esta fuese funcional.
Incluso incorporamos a las pantallas los links necesarios para que, en caso de no tenerlo disponible, lo pudiese descargar desde la Web.
Además de eso, creamos una rutina de validación para asegurarnos que la base diseñada (que sí se creaba automáticamente al configurar nuestra aplicación), no fuese modificada por los usuarios, e incluso destruyese cualquier agregado o cambio que se encontrara adicionado.

En resumen: No pierdas el tiempo. No vale el esfuerzo.