Buenas, encontre la solucion a mi propia consulta por ahi en internet y la publico por si alguien la necesitaba.
Solo era necesario poner la sentencia en una variable usando CONCAT y utilizar PREPARE, para ejecutarlo con EXECUTE:
Aclaro los parámetros de este ejemplo son MSUC (que se utiliza para identificar dos campos distintos - msucP y msucE) y MAT.
Código MySQL:
Ver original
set @d
= concat('UPDATE stock SET ',Msuc
,'P= 0, ',Msuc
,'E= 0 WHERE material=',mat
,';');
EXECUTE stmt2;
Saludos!