......va mas o menos asi el asunto, si lo pidieron en separacion, propusiste pantone directo???...y en tu archivo esta de esa manera, puede en el pane de impresion dar la opcion de separaciones y eliminas los colores CMYK dejando los pantone y mandando a imprimir de tal modo que quede en cada hoja un color asignado.
La otra opcion es que de acuerdo a lo propuesto agreges en el mismo documento un Nº de paginas para que en cada una de ellas pongas un color de los propuestos en tu diseño.
Date una vuelta por esta pagina, para entender mejor el asunto:
Este es un ejemplo
http://www.gusgsm.com/html/003.html
De lo de freehand.
La herramienta trazado automático es la que vectoriza, además puedes configurarla a tu gusto, pero desde mi punto de vista Freehand no hace muy buenas vectorizaciones y además pesan demasiado, asi que mi consejo es que vectorices en Flash, adobe streamline o corel trace.