Ok, prueba así, solo para ver que nos trae:
Código PHP:
<?php
$link = @mysql_connect("localhost", "root","")
or die ("Error al conectar a la base de datos.");
@mysql_select_db("clientes", $link)
or die ("Error al conectar a la base de datos.");
$query = "SELECT * from empresas INNER JOIN sistemas ON empresas.codigo=sistemas.pertenece_a";
$result = mysql_query($query);
while($row = mysql_fetch_array($result))
{
echo '<strong>CLIENTE: </strong> <br>';
echo '<strong>SISTEMA</strong><br>';
do {
$row['codigo']."<br>";
$row['sistema']."<br>";
} while ($row = mysql_fetch_assoc($result)); }
mysql_free_result($result);
?>