La sentencia que has usado no es correcta, pues si el pedido es el 5555, te devuelve
0001
0002
0003
0003
0004
0004
0005
0005
El problema para hacer lo que quieres es que el MySql, en las versiones estables actuales, no admite una subselect
, que sería la forma normal de hacerlo:
select codarticulo from articulo
where codarticulo not in
(select codarticulo
from articulo_pedido
where pedido = $pedido)
Esto parece que se solucionará con la versión que actualmente están desarrollando (existe una alfa).
La solución que te queda es guardar en una variable todos los códigos de articulo usados en un pedido,
select codarticulo from articulo_pedido where pedido=$_POS['codpedido']
y después montar una instrucción del estilo:
select codarticulo from articulo where codarticulo not in ($variable)
Espero que te sirva.