Hola,
En la primera linea del .htaccess
Tienes esto:
Código HTML:
Options +FollowSymLinks -Indexes
Elimina el "-Indexes" de ahi, y agregalo arriba en una nueva linea de esta forma:
Código HTML:
Options -Indexes
De esta manera deberia mostrar un error 404 a la hora de entrar a los directorios.
Saludos,