Bash no permite la manipulación que necesitás, al menos no directamente (siempre podrías escribir un algoritmo que cuente la diferencia de horas y luego la diferencia de minutos). La mejor forma es usar un lenguaje como Perl, Python o PHP, que seguramente ya estará disponible en tu sistema. Por ejemplo, en Python el código sería:
Código Python:
Ver original>>> from datetime import datetime, timedelta
>>> inicio = "220300"
>>> fin = "045000"
>>> inicio_dt = datetime.strptime(inicio, '%H%M%S')
>>> fin_dt = datetime.strptime(fin, '%H%M%S')
>>> fin_dt - inicio_dt
datetime.timedelta(-1, 28800)
>>> s = (fin_dt - inicio_dt).seconds
>>> print "%02d:%02d:%02d" % (s // 3600, (s % 3600) // 60, s % 60)
06:47:00