Error al subir ficheros en la sesión de cada usuario

[carrancho]

Tengan un cordial saludo, estamos desarrollando un portal web para que los usuarios puedan subir al servidor gran cantidad de ficheros (digamos 6000 o mas... por cada usuario), por ser una gran cantidad de ficheros por usuario se estableció que pueden guardar su sesión cuando lo deseen (ir guardando poco a poco los ficheros subidos), cuando termine el proceso de subida de ficheros podrá dar en finalizar para terminar el proceso de subida de los ficheros (sin que pueda volver a editar o subir ficheros).

Tenemos un inconveniente al subir los ficheros, cuando el usuario ha subido el fichero 329 deja guardar sin ningún problema pero cuando sube el fichero 330 o mas no deja seguir guardando y el mismo sistema pasa automáticamente a finalizar el proceso, cambiando el estado de Guardar a Finalizar. No importa el peso (MB) de cada fichero (la capacidad por cada fichero esta en 500M), las pruebas se están realizando con ficheros de 111 kb en total unos 36 MB, también se realizaron pruebas en una sesión de usuario subiendo 2 ficheros de 495 Mb cada uno y 2 ficheros de 50 Mb cada uno, dejando sin ninguno problema subir y guardar en total los 4 ficheros sumando los 4 ficheros en total 1085 MB (alrededor de 1 GB) y luego finalizar el proceso también sin ningún problema. Para comprobar este error ya se han realizado el mismo proceso 20 veces, teniendo el mismo resultado.

La siguiente es la configuración que se tiene del servidor dedicado:

CORE
max_execution_time = 3600
max_file_uploads = 1000
max_input_nesting_level = 64
max_input_time = 3600
max_input_vars = 1000
memory_limit = 512M
post_max_size = 500M
precision = 12
realpath_cache_size = 16K
realpath_cache_ttl = 120
serialize_precision = 100
upload_max_filesize = 500M
user_ini.cache_ttl = 300

SESSION
session.cache_expire = 14400
ession.entropy_length = 0
session.gc_divisor = 100
session.gc_maxlifetime = 1440
session.gc_probability = 1
session.hash_bits_per_character = 4
session.hash_function = 0
session.use_trans_sid = 0

Les pido el favor si alguno de ustedes me puede ayudar para establecer donde esta fallando la configuración de PHP,

Les agradezco su colaboración.