si cuando llegas a 001-999999 tienes que cambiar a 002. Pues metes un IF.
No obstante ¿de dónde sacas la serie? Supongo que la tienes guardad en la BD...Si el label de la serie no es visible, y no tiene ninguna otra utilidad que la de almacenar un valor ¿no sería mejor tenerlo en una variable?
Código vb:
Ver originalDim comm As New SqlCommand("Select count(idFact) from Factura", CON)
Dim nFact As Integer
nFact = comm.ExecuteScalar
IF nFact=999999 Then
varSerie= varSerie +1
nFact =1
Else
nFact = nFact + 1
End If
LblFact.Text = Format(varSerie, "000") & Format(nFact, "000000")