Es que cada vez que llamas al metodo addEjemplar lo que haces es agregar un ejemplar, escribiendo encima lo que sea que se encuentre, tendrias que ir cargando los ejemplares en una lista y luego insertar todos los ejemplares, o cada vez que vas a insertar uno nuevo leer el archivo sacar el contenido de este y agregar todo de nuevo con el nuevo incluido.
Te dejo unos ejemplos de los finales de AED que tengo y los miras.
https://mega.co.nz/#!QEljDCAA!34yJmC...l319tjWdqt-0sM