Hola:
Aunque tengas razón, tal vez solo sea cuestión de tiempo para se vea el icono, pero siempre es mejor ponerlo en la carpeta raíz (yo prefiero elegir el nombre, en vez de favicon), y también que sea en formato "ico"...
Hace unos meses encontré una forma de convertir otro tipo de imágenes en este enlace:
PHP ICO - The PHP ICO Generator
Saludos
