Cita: ¿Por qué ha ocurrido esto?
Por alguna otra causa no relacionada con PHP.
Te recuerdo que PHP se ejecuta en el servidor, es un lenguaje de servidor, y el resultado de dicha ejecución es al final HTML, CSS, JS o lo que le indiques.
Al final lo que ves en el navegador es todo eso, excepto PHP, que cambies la extensión del archivo a .php únicamente para poder ejecutar código PHP no debería afectar código previo.
Sin embargo, y es muy posible, habrás hecho algo mal y por ende el HTML/CSS/JS que produces no es el correcto.
¿Cómo adivinar?