Cita: ¿Cual es la diferencia entre ambas cosas?
cuando dices "ambas cosas" te refieres a hacer la query que publicas o enlazar tablas?
Si es eso no hay diferencia esa query esta enlazando las tablas, seria mejor usar la sintaxis actual pero es parcticamente equivalente, es más eficiente JOIN ...ON y tiene mas posibilidades (
manual)
(Por cierto sobraba la coma de despues de tabla2)
Si por enlazar te refieres a definir claves foraneas, es decir definir que el campo autor de la tabla 2 debe contener valores del campo id de tabla 1 en el caso de usar los moteres que lo permiten... eso da una serie de posibilidades de control de datos que tiene poco o nada que ver con enlazar o no tablas en una query.... (
manual)