Se que esto lo complica mas pero.....
el protocolo "javascript
:" ya no se recomienda usar:
Por eso yo pondria:
<a href='#' onclick="top.window.close();">.......
fijate que el onclick interceptará el evento (el click!) y el "top." hará que la ventana se cierre aunque no sea un popup, lo cual te asegura que funcione siempre. Saludos.