Google lee el código fuente de la página, así que respondiendo a tu pregunta, sí, Google tiene en cuenta los enlaces ocultos.
Aunque a través del CSS u otras formas intentes ocultar texto o enlaces, Googlebot lo va a terminar por averiguar, puesto que como dije anteriormente, no ve lo que ve una persona física, sino que lee el código fuente.
Ten en cuenta que los
enlaces ocultos es una práctica penalizada por Google.