Muchas gracias por las respuestas.
Carlangueitor, en el script de python, primero vuelco todo el fichero a una variable;
Código:
f2 = open("myfile.txt",'r')
myText = f2.read()
Y después voy reemplazando siguiendo las variables que tengo almacenadas en un array de 80000 elementos:
Código:
for i in myList:
myText = myText.replace(i,str(conta2))
conta2+=1
Después copio la salida a un fichero.
El fichero sólo lo abro una vez. La salida la copio en uno nuevo, sólo una vez también.
En realidad el script en bash es bastante más rápido que el de python, aun así son unas 20h.
Saludos,