Una opcion seria usar la aplicacion
Truecrypt , la cual permite crear discos virtuales encriptados que se almacenan como un archivo en tu disco. Una vez creado, lo "montas" mediante la contraseña con la que lo hayas creado y te aparece como un disco mas al que puedes copiar o mover cualquier archivo. Luego puedes "desmontarlo" y el disco desaparece, quedando guardado tus archivos de manera muy segura.
Suerte!