Hola,
Estoy con un proyecto ahora terminando que está con bootstrap y la verdad me ha dado muchos quebraderos de cabeza el tema del menú. Bootstrap te facilita mucho el trabajo pero por otro lado te complica como tengas que modificar alguna cosa como ésta.
Hasta donde yo he he visto the puedo decir que dentro de la carpeta de bootstrap tienes un directorio que se llama
theme y dentro otro que se llama
menu ahí tienes los archivos php que usa bootstrap para los menús.
Yo tuve que modificar el archivo "menu-link.func.php" y ahí puedes desactivar las clases (css) que dices.
En este post, aunque mi consuta era sobre otra cosa del menú, explico al final un poco lo que yo tuve que hacer para quitar alguna clase css. Échale un ojo a ver si te sirve de algo
De todos modos, aunque solucioné casi todos mis problemas, por uno que no viene al caso ahora, lo que decidí al final fue directamente hacerme el menú en html, desactivar el otro y crearme un bloque con el menú html que hice yo, y así he podido hacer y deshacer a mi antojo. En mi caso y por las necesidades de esta web, decidí que era la mejor opción.
Piénsalo que lo mismo te merece la pena.
Saludos