Error al sumar inputs dinámicos

[bathorz]

Que me corrijan si me equivoco. A mi entender con:
importes[FieldCount2] = document.getElementsByClassName('pu' + FieldCount2);
Si: FieldCount2 = 0
Estás cargando por ej importes[0] con un objeto.
document.getElementsByClassName('pu' + FieldCount2) es un objeto.
Lo que necesitas es su valor (objeto.value).

Con: 'pu' + FieldCount2 --> obtienes las clases: pu1, pu2,...
De esta forma cada valor pertenece a una clase diferente.
Hay que obtener el listado de clases, sus valores y sumarlos, a mí se me complica hacerlo.

Por eso todos a una misma clase, o un mismo nombre, se arma el paquete, se recorre y se suman los valores.

NOTA: ya que vas a cargar con el peso de la librería jquery lo mejor es usarla todo lo que puedas en lugar de javascript.