Prueba cambiando el orden de las comillas, recuedra que el código PHP se ejecuta primero que el JavaScript.
Código PHP:
<a href="javascript:void(0);" onClick="addComment(this,".$arr['id'].",".$arr['user_id'].");return false;">Responder</a>
Ya que con todas las comillas simples te interfieren. No conzco mucho de JS, pero si los argumentos de las funciones son Strings y deben ir entre comillas usa esto, siempre y cuando JS coja como Strings el contenido de las comillas simples.
Código PHP:
<a href="javascript:void(0);" onClick="addComment(this,'".$arr['id']."`,'".$arr['user_id']."');return false;">Responder</a>