Gracias gnzsoloyo,
Lo acabo de probar ahora mismo
Y mira que resultado me lanza mysql con el explain:
id select_type table type possible_keys key key_len ref rows Extra
1 SIMPLE a index id_empresa fecha_actualizado 4 NULL 82 Using where
Se está saltando los otros indices. No lo llego a entender bien, y aún asi si fuerzo el indice de fecha, id_categoria e id_seccion sigue sogiendo solo el indice de fecha_actualizado, los otros los omite aunque los esté forzando.