Cita: ¿al buscar en una tabla MySQL (archivo) no se pasa por el filesystem?
Sólo para acceder al index. Y los accesos a datos son muchísimo más rápidos en una BBDD, por la simple razón de que se diseñaron optimizados para esa tarea.
Buscar una cadena sobre una columna indexada puede requerir a lo más tres accesos a disco, y la lectura de tres bloques de datos de 8 Kb, máximo. Y verificar solamente si existe... bueno, creo que con un acceso a disco alcanza.
El overhead en ese caso es insignificante.
Además, el conjunto de strings se puede validar en un único paso en SQL.
Leer los archivos de disco... bueno, eso ocupa muchísimo más tiempo de procesador.