Obtener value de multiples checkbox

[Alexis88]

Creo que no entendí bien lo que habías dicho, entonces, ¿tu estructura sería así?:

Código HTML:

<ul>
    <li id = "a">
        <input type = "checkbox" value = "1" /> 1
    </li>
 
    <li id = "b">
        <input type = "checkbox" value = "2" /> 2
    </li>
 
    <li id = "c">
        <input type = "checkbox" value = "3" /> 3
    </li>
</ul>
 
<ul>
    <li id = "d">
        <input type = "checkbox" value = "4" /> 4
    </li>
 
    <li id = "e">
        <input type = "checkbox" value = "5" /> 5
    </li>
 
    <li id = "f">
        <input type = "checkbox" value = "6" /> 6
    </li>
</ul>
 
<select id = "g">
    <option value = 0>Seleccione una opción</option>
    <option value = 7>7</option>
    <option value = 8>8</option>
    <option value = 9>9</option>
</select>
 
<label id = "respuesta"></label>
<button id = "filter">Filtrar</button>
 

Si fuera así, tendrías que hacerlo de este modo:

Código Javascript:

var filtrar = document.getElementById("filter"),
    select = document.getElementsByTagName("select")[0],
    menus = document.getElementsByTagName("ul"),
    total = menus.length,
    salida = document.getElementById("salida");
 
filtrar.addEventListener("click", function(){
    var dataString = "";
  
    for (i = 0; i < total; i++){
        var opciones = menus[i].getElementsByTagName("li");
        for (j = 0, subTotal = opciones.length; j < subTotal; j++){
            var checkbox = opciones[j].getElementsByTagName("input")[0];
            if (checkbox.checked)
                dataString += dataString.length ? "&" + opciones[j].id + "=" + checkbox.value : opciones[j].id + "=" + checkbox.value;
        }                    
    }
  
    if (select.value > 0)
        dataString += dataString.length ? "&" + select.id + "=" + select.value : select.id + "=" + select.value;
          
    salida.innerHTML = "Resultado: " + dataString;
}, false);
 

Como el <select> es un elemento independiente de los dos <ul>, lo tomas desde un principio, luego, la forma en como tomaba los valores de los checkbox sigue siendo la misma, finalmente, tomaría el valor seleccionado en el <select> si es que éste es mayor a cero.

Así se ve en ejecución: http://jsbin.com/tafev/1

Por si a caso, funciona bien en Chrome, Opera, Firefox, Safari y en IE.

Saludos