Elijas la opción que elijas, no olvides incluir los rel="alternate". Por ejemplo, si la alternativa inglesa a tu página es mipagina.com/en, entonces deberías poner en la página de español lo siguiente:
Código HTML:
<link rel="alternate" hreflang="en" href="http://mipagina.com/en" />
Si quieres más información:
https://support.google.com/webmaster...r/189077?hl=es
Saludos