Según entiendo deberías modificar un índice a la vez, y dentro de el ajustar las respuestas una a una.
La forma en que lo haces crea explícitamente un nuevo índice, innecesario por cierto.
Es decir:
Código PHP:
Ver original$array[0]['respuesta'] []= 'A';
$array[0]['respuesta'] []= 'B';
$array[0]['respuesta'] []= 'C';