colocar capas por CSS ordenadas

[Zeromm]

Creo que no te he entendido bien, pero para que un elemento tenga el alto dependiendo de su contenido solo tienes que meterle un height: auto (valor que ya trae por defecto.)

Los altos (height) en porcentajes solo funcionan si todos los elementos superiores tienen indicado un alto en porcentajes también, incluidos el html y el body. Dices que no sabes como hacerlo automatico. Por defecto todos los elementos traen un alto en auto, pero si les pones un alto en % ya no funciona como auto. Por lo tanto prueba a dejarlo en "auto" en lugar de "%"

Lo de los porcentajes.. si quieres que la web se adapte a todos los dispositivos, si, usa porcentajes. Si tu web va a tener unas medidas fijas y no va a cambiar nunca, puedes usar px.