Esa opcion ya la probe, de hecho al cargar la pagina se muestra correctamente "alert_container_1", el problema esta al llamar a la funcion en el onClick
Código PHP:
$TMPL['alerts_divs'] = $TMPL['alerts_divs'] . "<div id =\"alert_container_".$alert_id."\" style=\"overflow: hidden; -webkit-border-radius: 4px; -moz-border-radius: 4px; border-radius: 4px; box-shadow: 0px 0px 0px 1px #5A5D63;-webkit-box-shadow: 0px 0px 0px 1px #5A5D63;border: 1px solid #000; margin-bottom:15px;\">
<table class=\"alert alert-".$alert_class."\">
<tr>
<td class =\"alert_text\" >
".$alert_text."
</td>
<td>
<button style=\"float:right; outline:0; margin-right:8px;\" class=\"btn btn-$alert_class\">
<a href=\"#\" onClick=\"close_alert('".$alert_id."');\" title=\"".$LNG['alert_close']."\">
<i class=\"icon-remove icon-white\"></i>
</a>
</button>
</td>
</tr>
</table>
</div>";
