Lo correcto seria
<? foreach ($usuario as $ya) {?>
<a href="<? echo base_url("empleados/ver_empleado/" . $pre->numero . "/" . $ya->rol") ?>
<? } ?>
Ia que es como trata codeigniter los datos $_GET no se le indica el nombre de la variable i se separan con una /.
Despes lo de $pre->numero no se si sera correcto ya que no es algo que canvie el foreach.
Y ya puestos lo aria con anchor(site_url("empleados/ver_empleado/" . $pre->numero . "/" . $ya->rol"),$ya->nombre usuario)