Pongo la solución por si alguien tiene el mismo problema que yo.
Lo he solucionado así.
En el .htaccess he cambiado la reescritura
Código Apache:
Ver originalRewriteRule ^(.+).html tratamiento_facial.php?trat=$1
RewriteRule ^(.+).html tratamiento_corporal.php?trat=$1
RewriteRule ^(.+).html tratamiento_dental.php?trat=$1
por:
Código Apache:
Ver originalRewriteRule ^facial/(.+).html tratamiento_facial.php?trat=$1
RewriteRule ^corporal/(.+).html tratamiento_corporal.php?trat=$1
RewriteRule ^dental/(.+).html tratamiento_dental.php?trat=$1
Lo que he hecho es crear la reescritura en subcarpetas para que sepa de donde viene cada enlance. Eso sí, en el enlace de la url amigable he añadido la subcarpeta tambien a la ruta, quedando asi:
Código PHP:
<a href="corporal/<?php echo $row_MenuCorporales['strSEO']; ?>.html">
Con esto queda perfecta la navegación de cada página y las url amigables.
Un saludo a todos.