Cita: PRIMERO : 20140010_Documentaci?n Josu? Mart?nez Rangel.pdf
SEGUNDO : 20140010_Documentaci%3Fn+Josu%3F+Mart%3Fnez+Rangel .pdf
TERCERO: 20140010_Documentaci%3Fn+Josu%3F+Mart%3Fnez+Rangel .pdf
¿De donde sacas esto?¿De la consola?
Ten en cuenta que la consola no tiene por qué estar en ISO-8859, por lo que aunque la cadena esté correcta en la variable al pintarla te aparece incorrecta. Usar system.out para depurar código no es buena idea, y menos en el caso de problemas de codificación.
La mejor forma de comprobar que estás parseando bien es que en debug mires el contenido de la variable, o directamente tratar de descargar el fichero.
Aparte, ¿por qué usas URLEncoder? Tú ya tienes la cadena escapada, lo que quieres es recuperar la original. Usa URLDecoder.