Ya lo solucione!! Muchas Gracias,
Solo me faltaba era controlar los id, con un contador y utilizar la instruccion que me diste (jonni09lo).
Muchas Gracias!! aqui pongo el codigo como quedo:
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.7.0/jquery.min.js"></script>
<scritp>
$(document).on("focus", "[name*=fecha_salida]", function(){
//selector = $(this).attr("class").split("-")[1];
$(this).datepicker({ dateFormat: 'yy-mm-dd' });
});
$.fn.AgregarCampo = function (contador)
{
$("#rutas").append("<tr id='"+contador+"'><td><select id='origen-"+contador+"' class='select_style'><option value=''>"+contador+"</option></select></td><td><select id='destino-"+contador+"' class='select_style'><option value=''>Seleccione...</option></select></td><td><input type='text' name='fecha_salida-"+contador+"[]' class='selector-"+contador+"' id='fecha_salida-"+contador+"' size='7'><span id='fecha_salida_mm'></span><input type='text' name='fecha_salida_hh[]' id='fecha_salida_hh-2' size='1'><span id='fecha_salida_hh'></span><input type='text' name='fecha_salida_mm[]' id='fecha_salida_mm-2' size='1'><span id='fecha_salida_mm'></span></td><td><select name='vuelo[]' id='vuelo-"+contador+"' class='select_style'><option>Seleccione...</option></select></td><td><select name='clase[]' id='clase-"+contador+"' class='select_style' style='width:75px;'><option value=''>Seleccione...</option></select></td><td><img src='../../iconos/cross.png' id='eliminarCampo-"+contador+"'></td><td><span='error_"+contador+"' class='hide'></span></td></tr>");
$.each([ "A","B","C","D","E","F","G","H","I","J","K","L","M ","N","O","P","Q","R","S","T","U","V","X","Y", "Z" ], function( index, value ) {
$("#clase-"+contador).append("<option value='"+value+"'>"+value+"</option>");
});
}
$("#agregar").click( function(){
contador = $("#contador").val();
contador++;
$(this).AgregarCampo(contador);
$("#contador").val(contador);
$(this).LlenarCombo('origen-'+contador);
});
</script>
<table>
<tr>
<td>
<input type="text" name="fecha_salida-1[]" class="selector-1" id="fecha_salida-1" size="7"><span id="fecha_salida"></span>
<input type="text" name="fecha_salida_hh[]" id="fecha_salida_hh-2" size="1"><span id="fecha_salida_hh"></span>
<input type="text" name="fecha_salida_mm[]" id="fecha_salida_mm-2" size="1"><span id="fecha_salida_mm"></span>
</td>
</tr>
</table>
Lo siento por omitir muchas de las etiquetas y algunas funciones, pero esta es la idea ya resuelta!
Gracias!!