Cita:
Iniciado por jonni09lo 
No hay problema ya que puedes tener un HTACCESS que aplique para el directorio principal, y uno en una carpeta especifica para negar acceso a ella directamente desde el navegador.
Mira
este articulo te ayudara a entender mucho sobre ese archivo.
Saludos
Muchas gracias espero poder hacer uno bueno.