Hola,
Cita: tenía esa simple duda, realizar un proyecto en PHP y que incluya fragmentos de código para realizar tareas en tiempo real con Nodejs
Si vas usar socket.io es posible usarlo, solo utilizas el JS osea socket.io-client.js en tu php y usas Javascript para hacer funciones y mandar información en tiempo real..
Cita: Pueden funcionar ambos en el mismo puerto paralelamente?
No, puesto que el puerto va hacer usado por un solo proceso o programa.. pero sin embargo Node.js puede usarse en cualquier otro puerto y tu Apache server usar el puerto normal osea el puerto 80.
Cita: Como realizo una comunicación para pasar datos entre ambos lenguajes?
Estudia
socket.io , pero antes tienes que instalar node.js y instalas socket.io como modulo.