Hola julimirin:
Si abres una página con marcadores del estilo <a name=marca1>Palabra1</a>... etc, puedes poner en la llamada "window.open" una cosa similar a ésto:
window.open("diccionario.html#Palabra1"), y se abrirá en la marca Palabra1...
También puedes poner las marcas dinámicamente:
var enlace = "diccionario.html#" + tuVariable;
//...y
window.open(enlace)...
Si no es eso lo que quieres, es que no te entendí bien, entonces, sería conveniente que te explicaras mejor (o que otro responda mejor)...
Saludos
