Programación en 3 Capas PHP

[piwy]

Lo normal es que te vayas al patrón MVC y en la parte de modelo si quieres separas BD de lógica de negocio o lo pones junto, como quieras y también dependiendo de si usas un ORM (sistema para facilitar el acceso a BD, te relaciona las tablas con objetos o con estructuras <<arrays normalmente>> para acceder a las tablas según el tipo de ORM) y las facilidades que te dé. Si no usas ORM hay gente que integra la lógica de negocio con las operaciones con la BD, y en otras ocasiones se separa el modelo de la lógica de negocio.

En tu caso las consultas y demás irían en la capa de datos si no quieres complicarte con ORMs y demás. Luego te falta el controlador que gobierna la interacción entre los distintos elementos.

También hay que saber qué es lo que entiendes por programación en tres capas.