Código malicioso que se agrega a todos mis PHPs (sin modificarlos!)

[Datacenter1]

Si estás 100% seguro que el malware no está en tu pc (malware local es capaz de hacer tal y como lo describes) y tanto tus .php como tus .htaccess intactos y sin fecha de modificación reciente, es mal indicio, hay formas de agregar scripts a php pero requiere de acceso a apache o php del lado del servidor, por lo que todo parece indicar que hay un atacante con acceso al sistema de archivos.