Hola:
No te confundas... Ajax solo devuelve los datos mediante responseText (texto plano), y responseXML (datos estructurados XML). Normalmente los datos recibidos mediante responseText se insertan con innerHTML, o sea que se inserta HTML, aunque se recibe texto plano
El DOM no tiene que ver... si que se actualiza, pero ese no es el concepto... no suelo usar ese método, pero si el innerHTML tiene algo así: <span onclick="alert(this.id)" id="hola">saludo</span>, seguro que pinchas y aparece la alerta (no pienso probarlo).
Saludos