Consulta con indices

[gnzsoloyo]

No es lo mismo esto:

Código MySQL:

SELECT ... 
FROM articulo main, articulo_detalle artd 
WHERE main.id=artd.id_articulo 
    AND main.id_empresa='5523' 
    AND main.referencia='06b63fa08a306564e8ea56574...' 
LIMIT 1
 

Que hacer

Código MySQL:

SELECT ... 
FROM articulo main
WHERE main.id_empresa='5523' 
    AND main.referencia='06b63fa08a306564e8ea56574...' 
LIMIT 1
 

No es lo mismo revisar lo que lee con una sola tabla que con un JOIN. SUpongo que no esperarás en ese contexto que lea la misma cantidad de registros.
Por otro lado, no nos estás mostrando el resultado completo del EXPLAIN, el que contiene mucha más información que simplemente la cantidad de registros accedidos.
Finalmente, los JOIN implícitos, con la condición en el WHERE son de muy mala performance. Es preferible hacer JIN explícitos, del tipo:

Código MySQL:

SELECT ... 
FROM articulo A INNER JOIN articulo_detalle D ON A.id = D.id_articulo 
    AND main.id_empresa = 5523
    AND main.referencia='06b63fa08a306564e8ea56574...' 
LIMIT 1
 

Además, como tal vez notes, no es buena práctica realizar comparaciones de campos numéricos contra valores tratados como cadenas.
Me refiero específicamente a esto:

Código MySQL:

AND main.id_empresa='5523'
 

Si id_empresa es un campo numérico no se debe poner el valor a comparar entre apóstrofes, porque eso genera una conversión implicita en MySQL que a la larga hace perder performance, y además oculta errores de variables en programación, porque por ejemplo si ese valor ingresara vacío quedaría así

Código MySQL:

AND main.id_empresa=''
 

y eso sería producto de un error de programación, pero no dispararía ningún error, como debiera suceder, por ende tendrías un defecto de programación oculto e indetectado... hasta que se produjera un fallo catastrófico.

Finalmente, indexar por 8 caracteres, cuando tienes una cadena de 60... es una muy mala idea. La cantidad de coincidencias podría ser elevadísima, y jamás lo sabrías a menos que revisases con cuidado la base.