Regularmente yo uso un proyecto por dominio. Porque muchas veces lo que quiero es que efectivamente ciertos modelos no estén en la misma base de datos, porque es otro proyecto completamente diferente.
Si lo quieres es diferentes instancias del proyecto en diferentes dominios. Puedes usar
sites. O si quieres tener diferente funcionalidad del proyecto dependiendo del dominio también puedes usar sites.
Si cada app tiene que tener su propia db, en su propio dominio, con sus cosas propias. Entonces te recomiendo que crear un proyecto diferente para esa app.