Podrías usar un programa de control de versiones, como
Git.
Básicamente tienes un repositorio (como en Github que supongo que alguna vez habrás visto) en el cual vas creando tus cambios, una vez terminado con esos cambios haces
commits, y según veas y cuando necesites, haces un
push al repositorio remoto con lo cual estás copiando esos cambios que hiciste en local.
En el proceso de trabajar con Git incluso evitas el uso del FTP, ya que no te hace falta.
pateketrueke escribió una
Guía Git en maestrosdelweb:
Es más extenso de lo que preguntas, pero Git es una herramienta muy útil y puedes perfectamente usarlo sólo para lo que comentas al principio y ya vas descubriendo lo demás poco a poco si quieres.
Si se te hace difícil entenderlo al principio, dedícale un rato más, porque realmente merece la pena.
Hay algunos programas que usan una interfaz gráfica, como la aplicación de Github, que además es gratuita, pero es bastante recomendable usar la linea de comandos para saber qué estás haciendo.