usa esto
Código PHP:
session_start();
require_once 'funciones.php';
$ruta_decodif = base64_decode($_GET['id']);
$ruta_decodif_decript = desEncriptar($ruta_decodif);
$ruta_decodif_decript=dirname(__FILE__)."/".$ruta_decodif_decript;
header("Content-type: application/octet-stream");
header("Content-Disposition: attachment; filename=$ruta_decodif_decript");
$fp=fopen($ruta_decodif_decript, "r");
fpassthru($fp);
http://cl1.php.net/manual/es/function.dirname.php
usando dirname(__FILE__) le das una ruta absoluta