como eliminar un elemento dependiendo de la class

[jonni09lo]

Bueno, en vista de que usas jQuery haz esto (simplificando todo el código que tu tienes):

Código Javascript:

$('ul.list-pages span').each(function(){
    var cssSpan   = $(this).attr('class'),
        parentCss = $(this).closest('li').attr('class');
    if( cssSpan != parentCss ){
        $(this).hide();
    }
});
 

Así no te vale?

Edito: Solo había visto el javascript, el HTML no lo determiné muy bien. Lo que haces con el HTML es 100% incorrecto ya que un ul solo debe contener li y dentro de los li es que metes el contenido que necesites, en este caso los span (de allí viene mi respuesta)

Debes de hacer algo así:

Código HTML:

<ul class="list-pages"> 
    <li class="page_item page-item-686 page_item_has_children">
        <span class='page_item page-item-686'></span>
        <span class='page_item page-item-693'></span>
        <span class='page_item page-item-690'></span>
        <span class='page_item page-item-688'></span>
    </li>
</ul>
 

Saludos