Si el comentario de arriba no te ayuda lo suficiente la solución es esta:
Lo suyo sería usar hashmaps
Un arraylist<Alumno>
Luego el alumno tendrá varios campos
String nombre
Hashmap<String, Integer> calficaciones
Si no puedes usar hashmaps porque es para clase:
Un arraylist<Alumno>
Luego el alumno tendrá varios campos
String nombre
ArrayList<Calificacion> calficaciones
Un objeto Calificacion
String asignatura
int nota
O sino dos ArrayLists en vez de un ArrayList de objetos pero to te lo desaconsejo.
Espero haberte sido de ayuda si no te queda claro pide más