Esa carpeta de DominioSecundario que mencionas es solo una carpeta o la configuraste como un subdominio?
Si es subdominio debes poder tener acceso a:
http://DominioSecundario.DominioPrincipal.com y tambien a
http://DominioPrincipal.com/DominioSecundario
Pero si solo tienes acceso a:
http://DominioPrincipal.com/DominioSecundario, tienes una carpeta pero no un subdominio o dominio secundario colo lo nombraste tu.
Slds,