Si vas a hacer un hash (que no es lo mismo que encriptar) con md5, no es necesario mysqli_real_escape_string.
Por otra parte, si tu aplicación requiere mucha seguridad y para beneficio de los usuarios, es mejor usar otro mecanismo de hash que no sea md5, ya que con éste si se tiene acceso a la bd se puede saber el password de los usuarios.
Actualmente se recomienda el uso de
blowfish