En realidad, como sabras en Linux asi como los sitemas basados en Unix diferencian minúsculas de mayusculas, lo que podrias intentar hacer es sobre-escribir tus urls usando el archivo .htaccess de apache.
Es decir forzar a que mod_rewrite cambie tu url a minusculas segun lo requieras.
Aqui un ejemplo:
Código:
RewriteMap tolowercase int:tolower
RewriteRule ^(.*)$ ${tolowercase:$1}
Referencia: http://httpd.apache.org/docs/2.2/mod/mod_rewrite.html#rewritemap
Para terminar, una reflexión,
¿Por que convertir tus urls? ¿No es mas facil acostumbrarse a escribir siempre en minusculas y mas aún cuando de URLS se trata?
¡ Buena suerte !