Hola compañero, no entiendo muy bien lo que quieres hacer pero me da la sensación que sí puedes hacer lo que pides. Hacer fadein o fadeout con javascript debería ser algo bastante trivial, ya sea en hover o click o lo que sea. Te dejo un código rápido que he hecho, he probado y funciona, mira a ver so lo puedes adaptar a lo tuyo.
Código PHP:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Prueba fade js</title>
<style>
div {
position: relative;
overflow: hidden;
height: 200px;
width: 200px;
}
img {
position: absolute;
}
#image2 {
display: none;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="hover">
<img id="image1" src="tuimagen1.jpg" />
<img id="image2" src="tuimagen2.jpg"/>
</div>
<script src="//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.10.2/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$('#hover').hover(function(){
$('#image1').fadeOut();
$('#image2').fadeIn();
}, function(){
$('#image2').fadeOut();
$('#image1').fadeIn();
});
});
</script>
</body>
</html>