Hola, me da la sensación de que lo que necesitas es algo por este estilo:
Código PHP:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Javascript</title>
<script type="text/javascript">
<?php
$sub_key1 = 'dato 1';
$sub_key2 = 'Una ciudad';
$sub_key3 = '25';
$sub_key4 = 'mas datos';
echo " data['key'] = new Array(); "
. " data['key']['sub_key1'] = '$sub_key1'; "
. " data['key']['sub_key2'] = '$sub_key2'; "
. " data['key']['sub_key3'] = '$sub_key3'; "
. " data['key']['sub_key4'] = '$sub_key4'; ";
?>
</script>
</head>
<body>
<!-- tu codigo html-->
</body>
</html>
Espero que te sirva de ayuda :)